〔十六、嚴島合戰〕
毛利元就在除去江良房榮之前，曾經出兵石見國，剷除對毛利家構成威脅的敵對勢力。
當時石見國內，除了跟毛利家同氣連枝的津和野三本松城主吉見正賴外，還有益田、三隅、永安、福屋、周布、小笠原等國人勢力。吉見家位於最西端，鄰近長門、周防，在其東面的益田、三隅、永安三氏，乃陶晴賢的盟友，因此吉見家腹背受敵，自顧不暇，在這情況下益田等人因為吉見家被陶氏牽制住，可以隨時響應陶晴賢入侵安藝，到時候毛利家不只要對抗陶晴賢，還要應付石見國人眾，就如同吉見家一樣陷入腹背受敵的環境。因此，元就與鄰近永安家的音明城主福屋隆兼結盟，讓福屋牽制益田等三家，使他們不敢輕舉妄動。天文二十四年〈１５５５年，同年十月改元「弘治」〉二月，吉川元春從安藝新莊出兵入侵石見，福屋隆兼起兵響應，於十一日攻下三隅家的高木城，二十二日再陷永安家的永安城，其後再攻陷春日城以及其周圍那賀郡一帶地域，暫時消除了石見方面的威脅。
不久，毛利元就對廣島灣東岸的敵對勢力展開攻略。安藝郡的矢野保木城主野間隆實，本來是三入高松城主熊谷信直的娘婿，是毛利陣營的一員，可是在元就與陶晴賢斷交的時候，他選擇投靠陶晴賢，並且向陶晴賢提供關於毛利家的情報，不單如此，野間隆實還聯同附近的白井賢胤出兵襲擊毛利家的前線領地仁保島和海田浦。元就不能坐視不理，天文二十四年〈１５５５年〉四月九日，元就父子率領志道、福原等將，約二千五百兵，從本陣佐東銀山城出發，圍攻矢野保木城。野間隆實只有千餘兵，雖然得到陶晴賢派出三百兵支援，也抵擋不住毛利軍的攻擊，在毛利軍熊谷信直的勸說下，終於在四月十一日開城投降。據《陰德太平記》記載，元就讓野間隆實主從離開保木城，復又派人在途中將他們殺害。
出雲、石見、備後、安藝內部的不穩局勢暫時安定下來，目前毛利家的敵人就只剩下陶晴賢，兩家的對決只是時間問題。陶晴賢自從跟吉見正賴和解後，直到後來的嚴島合戰之前大約一年時間，關於他的行蹤鮮有文書記載。假設陶晴賢要發動大軍入侵安藝，只有走陸路經櫻尾城北上，或從海路在廣島灣岸登陸，但無論是陸路還是海路，毛利家要擊潰數倍於己的陶軍，勝算不高。要以寡擊眾，非得要使用奇襲不可，要發動奇襲，又非得依靠地形不可，元就幾番審度過後，最終挑選了嚴島這塊彈丸之地，作為決戰的舞台。
嚴島又名宮島，位於櫻尾城南方的海上，面積只有三十點一七平方公里。位於島上的嚴島神社是日本三景之一〈其餘兩者為丹後宮津灣的天之橋立，和陸奧仙台的松島〉，相傳為推古天皇即位之年〈５９３年〉所建造，供奉市杵島姬命、田心姬命、湍津姬命三位女神，祂們守護著瀨戶內海，保祐海上往來船隻平安，商貿繁榮；數百年後的平安時代末期，平清盛曾經命人在該地營建社殿，嚴島神社從此受到公卿貴族的注意，嚴島也因此繁榮起來。此後的幾百年間，神社飽受風災、火災的摧殘，雖然經過修繕，但是面貌已不復當年。
嚴島擁有神聖不可侵犯的歷史背景和宗教意義，毛利元就之所以犯忌選擇嚴島為決戰之地的原因，還是因為陶軍以往進入安藝，不論是救援吉田郡山城還是出雲遠征，都會經過嚴島，參拜嚴島神社祈求戰事順利。若果陶晴賢集結大軍屯駐在嚴島，將會受到狹小地形所限，給予毛利軍突襲的機會，元就要以寡勝眾，也只有這個方法。為了確保陶晴賢走嚴島這條路線，元就特地到嚴島一趟視察環境，並且選定嚴島北端的宮之尾，命人在該地築城。宮尾城竣工，是在天文二十四年〈１５５５年〉四月，即在剷除大內家臣江良房榮後不久。
可是只是築城，並不能保證陶軍會取道嚴島，陶軍仍可能在預算之外，從陸路進攻安藝，於是如何引誘陶軍前往嚴島，又成為一個問題。此時毛利元就向重臣桂元澄授以密計，讓桂元澄假裝背叛毛利家，成為陶晴賢的內應，並且勸說陶晴賢取道嚴島，那時候元就會南下迎戰，趁吉田郡山城空虛之時，元澄便會從櫻尾城揮軍突襲郡山城，到時候郡山城唾手可得，毛利軍也會在強大的陶軍面前徹底潰敗。挑選桂元澄實行計策的原因，在於其父親桂廣澄，當年因為相合元綱謀叛一事失敗而受到牽連，對元就懷恨在心是自然不過的事，大可以利用這一點，來騙取陶晴賢的信任。《吉田物語》記載桂元澄在給予陶晴賢的密函中，這樣提到：「拙者〈桂元澄〉在毛利家督相續事件中失去了家父，對元就素有怨恨。雖然拙者如今名為譜代宿老，實際上卻是賤如奴婢，令我相當遺憾。我常思背離，今日聽聞貴殿奉義長公的威光，興起征伐之師，無論如何也希望加入貴方。若果貴殿率領軍勢前往宮島〈嚴島〉，元就自會率軍渡海赴敵，而拙者則會乘虛襲取吉田郡山城。盼能賜予指引。」初時陶晴賢也是半信半疑，直至桂元澄交出一封神文起請〈用血判作為簽署，在神佛前宣誓的文書〉發誓對陶晴賢永無二心，陶晴賢才相信。當時人們認為，如果違背起請文內的誓言，就會遭受天譴，陶晴賢即使對桂元澄的來投深信不疑，也是無可厚非。
五月十三日，陶晴賢派遣軍船百艘攻擊宮尾城，不果，於有之浦燒燬民家後退軍；六月八日，元就渡海前往宮尾城視察，途中被陶軍襲擊，在同行的乃美宗勝和飯田元著的奮戰下，將陶軍擊退，陶軍部將桑原掃部介戰死，元就命人割下陶軍的首級，用以激勵士兵：「這是嚴島大明神給予我們的加護，是他日我們在這島上合戰得勝的祥端！」。元就隨後任命降將己斐直之和新里宮內少輔為城番，領五百人負責守城，另外從吉川、小早川、福原、宍戶等家挑選部將作為監軍。
陶晴賢方面，於七月七日派遣白井賢胤再度攻擊宮尾城，三日後再派遣重臣三浦房清繞過嚴島攻打廣島灣上的仁保島；白井軍對宮尾城的攻擊失利，三浦軍亦被仁保島城將香川光景擊退。陶晴賢接到敗報，馬上召開重臣會議，商討作戰方案，陶晴賢提出的方案，是全軍攻下嚴島的宮尾城，再在廣島灣東岸登陸，直搗吉田郡山城，但是諸將之中，有反對陶晴賢提案者，都認為取道嚴島是相當危險的事，他們提議大軍先進駐岩國，再作決定。
九月二日，陶晴賢動員周防、長門、豐前、筑前四國二萬餘將兵〈《安西軍策》記載為二萬七千餘人〉，從山口出發，進駐於岩國的永興寺。從九月七日起，陶軍陣營內連日召開軍事評定，仍然未能得出確實方案，主要原因是陶軍內部對進攻路線產生分歧：〈一〉羽仁、大和等部將主張從陸路的櫻尾城、草津城，再攻打佐東銀山城；弘中隆兼亦有類似的主張。〈二〉陶晴賢獨排眾議，他認為自己在兵力上擁有壓倒性的優勢，而且櫻尾城的桂元澄已經答允做為內應，再者宮尾城的守將己斐直之和新里宮內少輔新降毛利，人心未必便穩，面對大軍時可能會動搖，最重要的是村上水軍會出兵支援，既然掌握了制海權，就不用擔心在嚴島的時候會受到毛利軍突襲，登陸廣島灣也不是問題。〈三〉弘中隆兼仍然堅持己見，反對陶晴賢的方案，他認為大軍若果取道嚴島，便會中了元就的計謀，對付寡兵，應該在野戰上決勝負，建議大軍兵分兩路，一路取道嚴島，一路從陸上攻擊櫻尾城，雙管齊下，便能夠封鎖毛利軍的行動。〈四〉三浦房清則認為之前攻擊櫻尾、草津等城失利，不應再行強攻，大軍從嚴島繞到廣島灣東岸上陸，那地區親大內勢力比較多，一路上將不受阻礙，如入無人之境，吉田郡山城猶在掌中。一連串辯論之後，陶晴賢還是採取自己的方案，取道嚴島，大軍從岩國永興寺出發，是在九月二十一日。
九月二十二日早上，二萬餘陶軍在嚴島大元浦登陸，陶晴賢本隊在勝山構築本陣，三浦房清、大和興武隊駐在塔之岡，其餘羽仁、門田、青景等將亦各率小隊在附近佈陣，但是由於各部隊過於分散，造成指揮不便，於是復將本陣移到岸邊的塔之岡，與宮尾城只有咫尺之距，此外大內水軍警固眾的軍船，亦在沿岸停泊。陶軍讓附近的民家統統撤離，在面對宮尾城的方向，沿路築起木柵；同日，陶軍從海陸兩路進攻宮尾城，面對著只有數百人防守的小城，陶軍部將三浦房清更揚言不出三天便可以將它攻陷，然而在宮尾城全體拼死抵抗下，陶軍依然未能攻克。
此後一連數天，陶軍仍未能攻下宮尾城。陶軍二萬餘人，對付一個只有數百人防守的小城池，卻是束手無策，確有可疑的地方，可是沒有資料證明當時陶軍的作戰情況和策略，是不是故意拖延進攻速度，是不是另有圖謀，無從稽考。個人認為，陶晴賢有可能故意拖延進攻速度，目的是要元就引軍來救，到時候與對岸櫻尾城的桂元澄對毛利軍海陸夾擊，只得四千人的毛利軍，在沒有增援的情況下被大軍夾擊，焉有不滅的道理。因為萬一宮尾城陷落，元就可能會撤退回吉田郡山城，結果可能演變成郡山城圍城戰，與十多年前尼子軍圍攻郡山城或是大內軍攻打出雲月山富田城的時候一樣，雖然攻城方兵員眾多，卻仍然無功而還，甚至損兵折將；再者，瀨戶內海一帶相對於安藝國內，更存在不少中立的海上勢力，在嚴島海域進行決戰，可以藉此宣揚大內家的海上實力，吸引更多小勢力投入大內陣營，而安藝國內的國人領主們，雖然也有蒙受大內家恩澤者，但大多數已經成為毛利家家臣，故此並不適宜深入毛利腹地作戰。
毛利元就接到陶軍登陸嚴島和攻打宮尾城的消息，卻沒有下令救援。本來在他的計劃中，陶軍聚集在嚴島上，便是突襲的良機，但是目前面對的是兵力不足的問題：陶軍二萬餘人，當中軍船五、六百艘，恐怕這數字大出元就意料之外，而毛利軍方面，兵力只有四千，直屬水軍河之內警固眾有軍船五、六十艘，這數量僅是陶軍的十分之一，即使加上小早川家的沼田水軍和因島村上水軍，仍是相差甚遠。雖然說陶軍已經墮進圈套，但是在兵力懸殊的情況下，尤其是大內水軍已經把嚴島北面的大野瀨戶海面封鎖，毛利軍莫說要救援宮尾城，就是要安全渡海也甚為困難。元就此刻最需要的是能島、來島村上〈以下統稱為「沖家」〉水軍的援助，得到擁有強大水軍力量的兩島村上水軍的襄助，才有機會渡海進行突襲，此外別無他法。正因如此，沖家水軍的向背，便成為勝敗的關鍵。然而，毛利家處於劣勢，沖家未必敢得罪陶家而出兵支援毛利，尤其當中的來島村上氏，本來就是四國伊予河野家的家臣，他們是否願意冒這個險去參戰，也是一個疑問。
九月二十四日，毛利元就留下女婿宍戶隆家和八百士兵留守吉田郡山城，自己親自率領毛利隆元、吉川元春，福原、志道、口羽、兒玉還有熊谷、平賀、阿曾沼、天野等家臣約三千五百人出發前往佐東銀山城，其後移師草津港，與此同時，小早川隆景率領數百人部隊前來會合，毛利軍人數增至約四千人。毛利軍派出的偵察人員回報說，目前宮尾城被切斷水源，士兵們忍受著饑渴之苦，而且他們身上的防具都損壞掉，防禦物也被破壞得很嚴重。按照報告所描述的情況，宮尾城隨時都會陷落，形勢可謂相當惡劣，萬一宮尾城失守，陶軍便會長驅直進，自己悉心部署的計劃便會全盤皆空，然而元就一直等待的能島、來島村上水軍還沒出現，貿然出動也於事無補。陷於兩難境地的元就，一方面派遣與沖家有密切關係的家臣乃美宗勝前往沖家求援，另一方面於九月二十六日派遣熊谷信直領兵船五、六十艘前往增援宮尾城。《安西軍策》裡記載著一段逸話：因為毛利方的士兵怯於敵軍的威勢，於是熊谷信直在出發前，秘密會見嚴島神主，請他到陣中激勵士氣，神主了解情況後，親自到元就陣中，依熊谷信直事前吩咐，假說自己「昨夜得靈夢，曰毛利軍此戰必勝，諸位不用懷疑。」與折敷畑合戰前一樣，假借神靈託夢振奮士氣，在那個迷信的年代，這一招可說是萬試萬靈，嚴島神主的一番話，成功穩住了軍心。
熊谷信直所率領的軍船五、六十艘，應該是毛利家直屬水軍河之內警固眾的全部軍力，雖然說宮尾城萬萬不能失，元就不得不救，但是以這樣的兵力去應付陶軍，無異於以卵擊石，而且這樣做對元就的突襲計劃毫無幫助。事實上，關於熊谷信直或是其他將領、甚至是其他形式的救援戰，都沒有詳細的記述，因此其經過和結果存在疑問。若果元就並沒有下令救援宮尾城，那麼這幾天以來他作出了甚麼行動呢？據史學家森本繁所述，九月二十六日，元就並沒有派兵救援宮尾城，而是派人送信給小早川隆景，命他把沼田水軍召回草津港，並且想辦法盡早說服沖家派兵支援；而到了翌日〈二十七日〉，沖家水軍尚未出現，元就再修書給隆景，催促他立即召回沼田水軍，與河之內警固眾一同渡海解宮尾城之圍。筆者認為這個說法比較合理。
九月二十八日，沼田水軍回到草津之後，元就馬上下令拔營，移駐到西南方的地御前火立岩〈現今的廿日市市內〉，準備孤注一擲，全軍渡海作戰，此時元就引頸以盼的沖家水軍約三百艘兵船終於在陣前出現，元就大喜。據《桂岌円覺書》〈桂元澄六男桂元盛著〉和《常山紀談》〈湯淺常山著〉記載，小早川隆景派遣部將乃美宗勝跟當時只有二十三歲的能島村上武吉交涉，乃美宗勝充滿自信地說敵我兩方在一天之內便會分出勝負，希望能夠借兵襄助，村上武吉爽快地答允；至於來島村上通康雖然隸屬於伊予河野家，但他同樣是村上武吉的岳丈，因此都有出兵的可能。後世軍記物對於能島、來島有否參戰一事，說法不一，就像《毛利元就軍記考証．新裁軍記》〈萩藩第五代藩主毛利吉元下令永田政純等等學者編撰而成的軍記，１７４１年完成〉就抹殺了能島村上武吉出兵的事實，真相究竟如何，在本節末段會稍作探討。無論如何，沖家水軍的出現，對元就來說無疑是及時雨，既然沖家的態度明朗化，突襲嚴島的計劃就可以付諸實行。
九月三十日〈一說為二十九日〉，元就正式發出命令，全軍於申時〈午後三時至五時〉用膳〈稱為「夕食」〉，做好出陣準備後，於酉時〈下午五時至七時〉從地御前火立岩出陣，趁夜色漸降，敵人不注意的時候登陸嚴島，並且在第二天〈十月一日〉拂曉之時對陶軍進行突襲。由於此事關係生死存亡，不容有少許差池，所以元就立下幾道軍令，命令士兵嚴格遵守：
一、不得使用任何指物〈例如旗幟等等導向物品〉。
一、侍者不得攜帶兵糧，士兵則只准帶一天份量的糧食。
一、早飯為燒飯和梅乾；先吃梅乾，後吃燒飯。
一、禁止高聲談話，違者就地處決；有事傳達，亦只能悄聲通傳。
一、聽得太鼓的拍子打到第三通後，第四下便要齊聲一喊而上。
一、暗號方面，一方問「勝つか」，另一方就必須答「勝つ勝つ」。
據記載，毛利軍出發之際，突然天降暴雨，西風狂嘯，直屬水軍河之內警固眾力勸元就延後出發，但元就駁斥他們的勸諫：「今日是最上的吉日，西風便是吉例。這場風雨是上天給我加護的證明。暴風雨好使敵人疏忽警戒，正是我們出陣的好時機！」毛利軍三千五百人〈不包括小早川隆景部隊〉，分乘河之內水軍五、六十艘軍船，每艘船上各有水夫三人。他們有一套船事法度，出發之前，會先把船員和兵士分配成幾組，每組以一艘船為單位，然後編排入冊子裡面，各船員和兵士都有記號，以辨別所屬的船組，不致發生混亂，此外還訂下一些規矩：例如船上不准點燃篝火，只有元就所乘的船可以點上一道燈火，其他的船一概以此為標的隨後而行；每船間隔約二、三十間，輪流出航；食糧由士兵隨身攜帶，船上不得積存糧食；士兵在船上禁止發出聲音等等。毛利軍無懼狂風暴雨，踏浪而行，終於在亥時〈晚上九時至十一時〉安全抵達嚴島東面的包之浦。全軍登陸之後，元就吩咐水軍大將兒玉就方將所有船隻連夜駛回地御前火立岩，以示破釜沉舟的決心，部將山星就相勸說元就至少該留下一艘船以備萬一，但是元就並沒有理會。元就又吩咐船隻回到火立岩之後，立即點燃篝火，讓陶軍以為毛利軍尚未渡海，而放鬆警備。
成功登陸嚴島的元就，還擔心士兵怯於陶軍的威勢，影響士氣，於是又想出鼓勵士兵的方法：全軍上陸完畢之時，元就把船員叫來，問：「這處叫甚麼名字？」船員答道：「包之浦」元就又指著面前的山丘：「那座山呢？」船員答道：「博奕尾」。包之浦和博奕尾的日文，有「一同打倒敵人」和「〈賭博〉獲勝」的含意，意甚吉祥，元就於是借此來激勵將士：「明日一戰必定能將陶軍擊敗！」已經沒有退路的毛利軍，在吉川元春的帶領下，摸黑登上博奕尾；途中一頭公鹿突然從道旁竄出來，驚嚇了士兵，那頭公鹿隨即遁入林中，元就乘機叫道：「這頭鹿是明神的御使，一定是明神給我們引路。諸將士快隨那頭鹿前進！」事實上元就事先派人在島上闢路，鹿只會沿路而行，故此不擔心會走錯路。元就略施小計，使士兵們受到激勵，雖然陷於背水一戰的形勢，但是仍能穩住士氣，將士們抱著殊死一戰的決心，在整場合戰中發揮了出人意料的力量。
至於小早川水軍以及沖家水軍，則沿著海岸悄悄向西南而行，在玖波折而向東，趁著黑夜潛入敵軍船團附近。由於大風的關係，沼田水軍多有不適，小早川隆景生怕士兵的狀態會影響到明天的突襲行動，於是打算將船隻停泊在敵陣附近的大元浦〈嚴島神社附近〉，此時部將乃美宗勝和磯兼左近向隆景獻計，反正在風雨之中，誰也辨不清敵我，大可以從正面滲進敵船陣中，有了陶軍大船作「屏障」，士兵就不會暈船，然而陶軍船隻之間以舟橋相連，包圍著嚴島神社，小早川水軍如何能深入敵陣？乃美宗勝又獻一計，說只要向陶軍聲稱自己是筑前國宗像、秋月家派來的援兵，陶軍便會信以為真，放鬆警戒，讓我軍溜進去。隆景依計而行，陶軍果然不虞有詐，小早川水軍成功靠近大鳥居，讓士兵悄悄上陸，並且在塔之岡附近埋伏。而沖家水軍，則在陶軍對開海面上遊戈，靜待合戰爆發。
陶晴賢計劃對宮尾城作出總攻擊，是在第二天，亦即十月一日。當天清晨六時，隱伏在博奕尾頂、俯視宮尾城的毛利軍，在元就一聲號令之下，沿坡而下，直指位於距離塔之岡五重塔一百米外的丸山之壇的陶軍本陣，而伏於塔之岡附近的小早川隆景的側擊部隊，亦響應而起。本來亦有一說，指陶軍的弘中隆兼，早就將部隊駐守在博奕尾附近，以防毛利軍突襲，但是按照毛利軍進攻路線來看，駐紮在博奕尾的弘中隆兼隊一定會首當其衝，萬一兩隊爆發衝突，毛利軍又是否能夠按照計劃，順利突襲陶晴賢的本陣，也是未知之數，故此筆者對這說法抱有懷疑。
且說毛利元就本隊與小早川隆景部隊夾擊陶軍，陶軍因尚在睡夢之中，冷不防遭到突襲，登時亂作一團，加上分散各地的其餘陶軍部隊聞訊趕至增援，陶軍未能分辨敵我，又徒增混亂。雙方在宮尾城外與塔之岡之間的一片狹隘平地上交戰，由於陶軍人數眾多，受地形所限，調動不便，又出其不意的遭到突襲，因此很快便崩潰。陶晴賢即使努力的吆喝，讓士兵鎮定下來，但是陷入混亂的陶軍，爭先恐後向著海邊的大元浦逃跑，完全不受控制，極為狼狽。停駐在大元浦對開海面的陶軍水軍部隊，同樣遭到沖家水軍的突襲。沖家水軍分為四小隊：第一小隊在敵陣前一字排開，以弓箭、鐵砲作遠距離攻擊，並且在敵船之間來回穿插，切斷敵船之間的碇綱〈船與船之間的繫繩〉，接著由四、五艘火矢船組成的第二隊則以火矢作攻擊，令船隻起火，第三隊則以焙烙〈手投炸彈〉攻擊，最後由餘下的沖家水軍強襲敵船，進行肉搏戰。沖家水軍的強大戰力以及精密的進攻模式，使陶軍水軍部隊招架乏力，一敗塗地，僅存的船隻，也紛紛向西走，逃離嚴島海域。
陶軍的弘中隆兼、隆助兩父子，率領五百兵士前往救援，但是此時陶軍已呈敗勢，一味逃走，控制不了，弘中隊乾脆在瀧小路等候追擊的毛利軍。毛利軍方面，吉川元春所率領的新庄眾一馬當先，追擊瀧小路的弘中隊，不料在中途遭到陶軍的青景、波多野等部隊伏擊，吉川隊被重重圍困，幸而熊谷信直和天野隆重部隊及時趕到，替吉川隊解圍。陶軍見佔不到上風，於是再度退卻，弘中隆兼為了阻礙毛利軍追擊，更在瀧小路左右的民家放火，風助火勢，火愈燒愈旺，嚴島神社就在附近，恐有被波及之虞，吉川元春認為嚴島神社不能受到破壞，寧可放棄追擊，也要保護神社周全，於是下令士兵立刻撲滅大火。
另一方面，毛利隆元隊遭到陶晴賢率領的零散部隊的反撲，元就聞訊，馬上率領福原、兒玉等勇將三百人前往支援，奮戰之下將陶軍擊退。陶晴賢見大勢已去，軍心渙散，自知再無勝算，家臣三浦房清過來勸他盡快離開嚴島，於是朝著軍船停泊的大元浦逃走，可是大元浦上連一艘陶軍船隻也沒有，因為早就被沖家水軍打個落花流水，僅存的兵船都四散逃逸，陶晴賢見此路不通，於是沿著海岸線，往西南面的多多良浦一直走。小早川隆景率隊追擊，在大元之谷遭到羽仁越中守兄弟率領的三十人部隊伏擊，在附近隱伏的約五百名陶軍，亦加入混戰，隆景出其不意遭到襲擊，一度下令後退，幸而吉川元春率眾趕到，形勢又再逆轉，羽仁兄弟戰死，元春和隆景於是合兵一處繼續追擊。
作為殿軍保護陶晴賢退卻的三浦房清部隊，被小早川隆景的追擊部隊從後趕上，三浦房清殊死反擊，最後壯烈陣亡，隆景右腕亦受了傷。陶晴賢此刻窮途末路，想逃，逃不了，想戰，身邊的部將又一一戰死，二萬大軍居然兵敗如山倒，因為自己的執著，才會落得如此慘淡下場。據《棚守房顯覺書》記載，陶晴賢輾轉逃到嚴島西邊的大江浦，並且在那裡切腹〈註１〉，由近侍伊香賀民部少輔執行介錯〈武士切腹之際由近侍從後一刀砍下首級，以減輕切腹者的痛苦，稱為介錯〉，享年三十五歲。臨終前，陶晴賢留下辭世句一首〈註２〉：
何を惜しみ何を恨みん 元よりも この有樣の 定まれる身に
伊香賀民部少輔用夾衣將陶晴賢的首級包起來，與另外二名近侍逃入山中，一同自盡殉死，陶晴賢的首級因此下落不明。然而三日後〈十月四日〉毛利軍的兒玉內藏允活捉了陶晴賢身邊另一名叫做乙若的近侍，據說陶晴賢切腹之時，乙若就在身邊，而按照乙若口述，毛利軍終於找到了陶晴賢的首級所在。是以後世關於陶晴賢切腹的情景，一般都是取材自乙若的說法。
嚴島合戰進軍路線示意圖 〈圖片摘錄自森本繁《戦史ドキュメント 厳島の戦い》〉
毛利軍與陶軍的交鋒，從十月一日清晨六時左右到午後二時左右，歷經八個小時，據《吉田物語》記錄，陶軍戰死者約四千七百八十餘，以當時來說，是相當驚人的數量。其餘的陶軍，除了水軍部隊逃離嚴島海域外，陸地上的陶軍，則四散在各處，或抵抗，或隱匿。至於在瀧小路的民家放火阻擋吉川元春追擊的弘中隆兼父子，則帶領殘兵逃入山上的龍之馬場，負隅頑抗，毛利軍各隊亦陸陸續續抵達。元就深知弘中隆兼和他的部將個個勇悍，不宜硬碰，於是命人在弘中隊四周豎起柵欄，實行圍殲戰術，把弘中隊圍困在內，全數殺掉，一個都不能剩。出路被堵塞的弘中隊，宛如籠中之鳥，由於饑渴和疲累，弘中隊的部下無力再戰，不是被殺就是被擒，到得第三日〈十月三日〉早上就只剩下弘中隆兼父子主從三人。弘中隆助率先突圍，闖入陣中，砍傷了數名士兵，吉川元春的家臣坂越中守見狀，立刻拉弓將其射倒，接著由熊谷信直的家臣末由新右衛門上前將其斬首。
弘中隆兼眼見兒子戰死，萬念俱灰，打算自盡，這時毛利軍阿曾沼廣秀的家臣井上源右衛門衝上前阻止，並向其提出單打獨鬥的挑戰，弘中隆兼手執太刀應戰，最後力盡而亡。弘中隊剩下來的一名郎黨，亦被吉川元春的家臣井尻又右衛門所殺。隨著弘中隆兼的敗亡，嚴島合戰正式結束。
十月三日下午二時左右，毛利元就率軍進入宮尾城祝捷，拼命守備宮尾城使其不致陷落的己斐直之、新里宮內少輔兩將受到元就的褒獎；對豁出性命奮勇作戰的士兵，元就更親自為他們做飯充饑。十月五日，元就留下若干部隊留在嚴島剿滅殘兵和負責清理屍體等等善後工作，自己則率領大軍凱旋回到對岸的櫻尾城，進行陶晴賢的首級檢驗。留在嚴島上的兩軍屍骸，被送往對岸的大野，而被血染紅了的地面，元就特地吩咐士兵將之全部挖走，不留下一片痕跡。
此外，毛利元就向嚴島神社方面呈上連續七天的神樂和龍頭納楚利的舞蹈，以謝神靈眷顧，又進行「萬部經會」，替雙方死者祈求冥福。
在這裡稍為剖析一下嚴島合戰中的幾處疑點。首先，史學界就沖家水軍有否參戰一事，還在推論階段，未有定論。最可信的史料，就是由目睹整場戰爭經過的嚴島神社社家野坂〈棚守〉房顯編寫的《棚守房顯覺書》以及作為吉川元春家臣參戰的二宮俊實所寫的《二宮俊實覺書》，其中《棚守房顯覺書》清楚地記錄了沖家水軍參戰的事實，即使是沖家水軍方面，能島村上家的《武家萬代記》以及來島村上家的《河野氏越智朝臣姓系圖》亦有他們派兵參戰的記錄。日本國立歷史博物館的宇田川武久教授，就這個問題提出了疑問，他認為來島水軍實際上並沒有派兵參戰。話說在永祿十一年〈１５６８年〉毛利軍派兵到伊予支援被攻擊的河野家之時，元就曾有一封親筆書信提到：「此次出兵予州〈伊予〉，乃因〈以前〉來島的幫助使我等不致身首分離之事。這回還他一個恩情，亦是我所願之事」〈《毛利家文書》第五七九條〉，但是書信裡所謂「來島的幫助使我等不致身首分離之事」，並沒有指出確實時間，亦沒有任何關於「嚴島」的片言隻字，並不足以證明書信裡提及的就是嚴島合戰；若果信中指的不是嚴島合戰，那應該是指防長攻略的那段時期〈後述〉，但是觀乎兩段戰事的程度，嚴島合戰時的形勢更為險峻，來島水軍的出現，對毛利軍來說至為重要，能產生決定性的效用。以此推斷，書信裡指的應該是嚴島合戰來島村上水軍來援之事。
另一個疑問是，在嚴島合戰之後的第二年〈弘治二年，１５５６年〉四月末，毛利軍攻打周防須須萬沼城之時，元就給予隆景的書信中，提到「來島水軍就算變成敵人，甚或只是不派援軍，都會使我方的戰鬥變得更困難，我們卻是毫無辦法，這些在現今世道來說並不是甚麼稀奇的事。」言語中可以看出當時來島水軍的態度並未明朗，甚至可以用曖昧來形容，而元就對此事感到十分無奈。然而按照史學家森本繁的說法，來島村上通康在當時早已派遣部下平岡左近進和村上吉繼領百艘軍船、二千將兵支援毛利軍，協助封鎖海上要道，以防大內義長從海路逃走，同時隔絕來自豐後國的大友義鎮〈後來的大友宗麟〉的增援，所以這個說法也是不能成立。若果將元就書信裡的話語理解為去年來島水軍有參與嚴島合戰是個事實，但畢竟人心難測，這次攻打大內義長，元就也不敢斷言來島是敵是友，這個解釋應該比較合理。
我們可以從兩村上家當時的政治狀況來分析。天文十年至十五年間〈１５４１－１５４６年〉大內義隆先後發動幾次對瀨戶內海大三島、能島和伊予忽那諸島的侵略行動，來島村上通康支援忽那諸島，屢次擊退大內水軍的攻勢，但是大三島終究還是落入大內義隆手中。據《三島宮社記》所記述，來島村上通康後來被大內義隆任命為三島地頭職，號稱三島地頭神主，威勢倍盛，雖然原因不明，但若果記載屬實的話，來島村上通康成為大內氏的被官，理應是大內陣營的一員，然而，大約在大內義隆發動攻擊之前的天文十年〈１５４１年〉，伊予河野家發生內訌，前家督河野通直因為嫡子晴通幼弱，於是提出將家督之位讓給女婿來島村上通康，此舉遭到家臣們反對，反對派擁立晴通〈另有一說是另立河野家庶流的通政〉與村上通康爭奪家督之位，以致兵戎相見，在兩敗俱傷之後，雙方最終妥協，村上通康獲得河野之姓，以及獲准使用河野家的家紋，得到非常優厚的待遇。因此，來島村上通康獲大內義隆授予三島地頭職，可能只是外交上的一種以示友好的妥協手段，並不代表來島村上家成為大內家臣，出兵協助大內家。
至於陶晴賢執掌的大內家，與來島村上家或伊予河野家的關係，以及來島村上家對陶晴賢的態度，並沒有適當的史料記錄。然而，來島村上家足以代表河野家的立場，如果協助相對弱勢的毛利家而介入這場戰事，成功則已，失敗了便大有機會招惹陶晴賢的報復，演變成河野家對大內家的對立，是相當大的賭注。如果說來島村上家出兵支援毛利家，是基於甚麼樣的利益考慮，那大概是希望從毛利家手上獲得某些海上特權。在《河野氏越智朝臣姓系圖》裡可以找到來島村上水軍出兵的證據，當中有一段說到：「陶道喜〈晴賢〉攻藝州．．．〈中略〉．．．元就遣使前往伊予，求援於通康。援軍出發之時，道喜正以宮島為陣。元就率通康之兵，夜半潛入陶軍宮島陣中，大破之。元就為報其恩，以矢代島〈屋代島，現今山口縣大島郡周防大島町〉一萬六千貫領地贈之。」雖然沒提及來島通康親自帶兵，且當中雙方交涉的情形亦沒有具體地交代，但是不失為「來島支援說」的一個重要的證明。
再看看能島村上家的狀況。幾乎是同一時期，能島村上家第四代當主村上義雅歿，村上家內部就家督繼任問題分裂為兩派，一方擁立義雅的嫡子義益，另一方擁立義雅之弟義忠之子──道祖次郎武吉。由於義益有繼承者的名份，加上其母親是因島村上吉充的女兒，因此大有優勢，當時只有十來歲的武吉，雖然有父親義忠和叔父隆重的支持，但是勢孤力弱，毫無勝算，結果逃到九州肥後國投靠剛脫離大友家自立的菊池武俊，菊池氏跟大內家又有聯繫，得到菊池家和大內家協助的武吉派，因而有了跟義益派抗衡的戰力；另一方面，義益派又拉攏了豐後大友家和出雲尼子家，以牽制菊池和大內，於是形成了「村上武吉－－菊池－－大內」對「村上義益──因島村上－－大友－－尼子」兩大陣營的對決。最後武吉派成為勝利者，並且迎娶了來島村上通康之女，村上武吉順理成章地成為第五代家督。
此後大內義隆特別准許能島村上家擁有向途經周防上關的船隻徵收荷駄別錢以及向停泊嚴島的船隻徵收駄別料的特權，但是陶晴賢取代大內義隆之後，沒收了能島村上家的這些特權，轉賜給心腹重臣江良房榮，自然惹起能島村上家的不滿，故此能島村上站在毛利家一方，並非沒有可能。然而，如前文所述，後世編撰的毛利家軍記物《新裁軍記》裡面，第十一卷的「論斷」大概提到：「能島支援之事，見載於諸記之中。即便是村上家傳之說，亦是如此，且流傳於世。然而元就公在催促隆景〈召回〉沖警固一事之書信中，曾多次提及來島甚至其他警固眾之事，對能島卻是隻字不提，再者就是能島村上家傳之文書，亦沒有在當時出兵支援〈毛利〉的證據。又或者說，來島、能島原屬同族，蓋因當時來島強大，故此理所當然地將能島併在其中．．．〈中略〉．．．故此本文只記下來島。」以此看來，即使是基本的史料，對能島有否支援一事，也各有不同的分析。然而綜合以上各點，筆者仍然傾向於「有參戰」說，動機上沖家也不乏參戰的理由，這個理由可以是潛在的利益，或是在情義上跟毛利家敵愾同仇，又或是其他原因，再者，最直接的史料〈《棚守房顯覺書》和《二宮俊實覺書》〉已經言明沖家水軍參戰的事實，而目前仍未有任何犯駁或值得懷疑的地方。後世的軍記物多是編者根據零碎資料或久遠的記憶，加上若干的杜撰而成，雖然愈是後期的軍記物，所參考的書信、文獻比較多，但是受前人主觀意見亦多，時代潮流亦與當時有異，成書之際難免有所偏頗，終究難臻完善，要印證史實，還是應該用當場目擊者最切身最原始的記錄去分析。唯筆者手上的資料有限，見解膚淺，這一切疑團，只有待日本方面的歷史學者去剖解。
註〈１〉：亦有一說為陶晴賢翻過山嶺到達嚴島東南岸的青海苔浦，在那裡發覺沒有船隻，於是折返山上，在高安之原切腹自盡。但一般都採用大江浦切腹之說。
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