上一章提到八一八政變後,長州藩及七名攘夷派公卿撤出京都,包括新選組在內的治安組織大肆搜捕留在京都的激進攘夷份子,暫時穩定了局勢。不過長州藩並沒有因此放棄爭奪京都這個陣地,仍然密謀著回歸政壇,一雪前恥。由於尊王攘夷派在京都的勢力被一掃而空,他們只能轉為地下行動,為重奪京都鋪路。
新選組時刻留意出入京畿的可疑份子,對象甚至包括與暗中支援攘夷份子的各階層人士。為了調查,他們會廣布密探,或者派員喬裝成各色各樣的人士,混跡市區收集情報。只要證實有攘夷份子匿藏,或與攘夷份子聯絡的人,就會拘捕或者處決他們。前述大坂町奉行所與力內山彥次郎被殺,便是被指暗中與長州藩合作抬高米價的緣故(不能排除私怨的原因,請參考第三章)。而為了逃避追捕,攘夷份子往往改名換姓,令搜捕工作增加難度。

