慶應三年(1867年)十二月九日,以薩摩和長州為首的倒幕派仿傚了八一八政變的做法,佔據了京都御所,將親幕派公卿擋在宮門外;倒幕派在小御所內討論國是,頒下了王政復古大號令,廢除了將軍職位和一切幕府制度,新設總裁、議定、參與三職。德川慶喜雖然已經失去將軍職位和領地,但支持幕府的人仍然不少,是倒幕派的心腹大患,不過德川慶喜不願與新政府衝突,便帶領會津、桑名藩兵以及新選組一同退守大坂,不久新選組返回京都,以伏見奉行所為屯所,繼續維持治安。
十二月十八日,剛好是油小路事件一個月。這一天近藤勇前往二條城參與會議,下午乘馬回程時在伏見街道遭遇富山彌兵衛等御陵衛士餘黨的伏擊,近藤勇右肩中槍受傷,但性命無大礙。事後他與患上肺結核的沖田總司一起到大坂接受治療,新選組隊務則交由副長土方歲三處理。
三日後的二十一日夜晚,新選組繼續在京都市中巡邏,路上遇上薩摩藩兵,雙方爆發衝突,直到翌日天亮,在附近的尾張藩邸趕緊調停,才不致發生傷亡。